Osm čtvrtfinalistů je rozděleno do dvou výkonnostních skupin. Z rozpisu soutěže vyplývá, že kluby jsou nasazeny podle umístění v ligovém ročníku 2008/2009.
Nasazení: Slavia, Sparta, Liberec, Olomouc.
Nenasazení:Teplice, Jablonec, Plzeň a Příbram.
Nenasazení:Teplice, Jablonec, Plzeň a Příbram.
Úředními termíny pohárového čtvrtfinále jsou 31. březen a 7. duben. Nenasazené týmy hrají první zápas na domácím stadionu.
Vítěz Ondrášovka Cupu získá právo hrát předkolo Evropské ligy.
Los se uskuteční v pátek 4. prosinceod 12 hodin ve velké zasedací síni Českomoravského fotbalového svazu v Praze na Strahově za účasti zástupců osmi klubů a médií.
